Desde janeiro de 2021, foi iniciada em Pacatuba a campanha de vacinação contra a Covid-19. As primeiras vacinas seguiram a ordem de prioridade orientada pelo Ministério da Saúde, obedecendo aos seguintes grupos: profissionais de saúde da linha de frente, indígenas e idosos com mais de 75 anos.
O município de Pacatuba aguarda por novas doses, que devem ser enviadas pelo Governo Federal aos estados que distribuem aos municípios. No Ceará, a regional que recebe a vacina para Pacatuba funciona na cidade de Maracanaú. Até a chegada de novas doses, o prefeito Carlomano Marques, juntamente com o vice-prefeito Rafael Marques, determinou que o município siga o decreto estadual, com medidas locais, buscando minimizar os impactos da doença viral, como a suspensão das atividades no Balneário Bica das Andréas, até o dia 28 de fevereiro, fiscalização nos bares e estabelecimentos considerados não essenciais, cujo funcionamento segue até às 22h.
No momento do pico da pandemia, Pacatuba adotou barreiras sanitárias, entrega de máscaras à população, refeições solidárias para as famílias mais carentes, cadastradas no Centro de Referência e Assistência Social (Cras), além de acolher casos mais urgentes em sua rede municipal de saúde, que atualmente conta com o Hospital Municipal, a Unidade de Pronto Atendimento 24h (UPA), além dos postos de saúde distribuídos nos distritos.
Preparada para atender à população, a UPA de Pacatuba conta com 12 leitos, três consultórios médicos e uma farmácia.
A unidade, com seis meses de funcionamento, já atendeu 27 mil pacientes, dando suporte à população neste momento delicado.